Aphrodite Tapınağı’ndan günümüze kalanlar, aslında Geç Antik Çağ’da dönüştürülmüş olduğu kilise yapısıdır. Hem Tapınak hem Kilise, planları ayrıntılı olarak ayrı ayrı anlaşılabilen muhteşem anıtlardır.

Toplumun kalbini oluşturan Aphrodite Kutsal Alanı’nın odak noktası geleneksel Yunan stilinde sütunlarla çevrili ve tümüyle mermerden yapılma bir tapınaktır. Tapınak tanrıçanın evi sayılırdı ve içinde tanrıçanın kült heykelini barındırmaktaydı. Mimar Hermogenes’in Helenistik stilinde bir İon tapınağı olan yapı, teknik açıdan pseudodipteros planlı, octostyle ve pycnostyle’dir. Yani tapınak odası (cella) geniş bir stoa (pseudodipteros) ile çevrilidir; ön cephesi sekiz sütunludur (octostyle) ve sütunları birbirine yakın dizilmiştir (pycnostyle). Uzun kenarlarda on üç sütun yer alır. Dış kenarı 8,5 x 31 m’dir.

Tapınağın kronolojisi yazıtlarla kesinleşmiştir. C. Julius Zoilos’un adına, kapı lentosuna yazılmış bir ithaf yazıtı ile MÖ 30’lara tarihlenen ilk evre, olasılıkla sütunlu bir ön avlu ile tapınak odası (cella) bölümünden oluşmaktaydı. Bunun etrafındaki dış sütunların bazıları üstünde bulunan bağışçı yazıtları sayesinde sütunların MS 1. yüzyılda eklendiği anlaşılmaktadır. MS 2. yüzyılda tapınağın etrafı gösterişli bir sütunlu avlu ile kapatılmıştır. Doğu kenar iki katlı, sütunlu bir cephe ile; kuzey, batı ve güney kenarlar ise portikolarla çevrilmiştir. Tapınağın altında yapılan sondaj çalışmalarında arkaik dönem seramikleri ve farklı bir doğrultuda inşa edilmiş daha erken yapılar bulunmuştur. Bunların arasında büyük bir Helenistik dönem çakıl mozaik parçası da ele geçmiştir ancak Roma tapınağının öncülü olabilecek bir buluntuya rastlanmamıştır.

Tapınak, MS 5. yüzyılın ortasında veya sonunda kiliseye dönüştürülmüştür. Bu özenli, detaylı ve ekonomik dönüşüm, aynı zamanda muazzam bir girişimdir. Tam anlamıyla ters yüz edilen tapınağın içi dışına çıkarılmıştır. Yan sütunlar iç nefleri oluşturmak üzere yerinde bırakılırken, uçtaki sütunların yerleri, nefi doğu ve batı yönünde uzatmak amacıyla değiştirilmiştir. Cella duvarları sökülüp sütunların dışına tekrar örülmüştür. Böylece kilisenin günümüze kadar kısmen ayakta kalan etkileyici dış duvarları oluşturulmuştur. Giriş batıya alınmış ve doğu ucuna bir apsis inşa edilmiştir. Son olarak kutsal alanı çevreleyen portikoların mimari elemanları narteksi ve ön avluyu oluşturmak üzere yeniden kullanılmıştır.

Böylece Aphrodite Tapınağı, bazilika planlı bir kilise olan Aziz Michael Katedrali’ne dönüştürülmüş ve yerine yapıldığı sütunlu pagan tapınağından çok daha büyük bir hale gelmiştir (28×60 m). Bu değişimin gerçekleştirilme şekli, bilinen tapınaktan kiliseye dönüştürme işlemleri arasında eşsizdir. Katedral, 1190’ların başında Philadelphialı (Alaşehir) yerel bir savaş ağası olan Theodore Mankaphas tarafından yağmalanıp yakılıncaya kadar kullanımda kalmıştır.

Tapınak-Kilise Ortaçağ’dan beri mevcut durumunu müthiş biçimde koruyarak ayakta kalmayı başarmıştır. Yapı, yangınla büyük hasar görmüştür ve masif ahşap çatı kalaslarının yanmasıyla oluşan yüksek ısı nef sütunlarının iç yüzlerini fena halde çatlatmış ancak yıkamamıştır. On dört adet sütun, dış duvarların büyük kısmı ve apsis hala ayaktadır. Sütunların üzerindeki konumlarını koruyan bazı arşitravlar depremler sebebiyle yerlerinden kaymıştır.